Avec un protocole d’observation rigoureux, basé sur la méthode du Dr Elaine Ingham, le microscope peut devenir un véritable outil d’aide à la décision pour un agriculteur, estime Marie-Thérèse Gässler, cogérante de la société de conseil Gässler SAS. Moyennant un investissement de quelques centaines d’euros, il est possible de se donner les moyens de rationaliser des décisions qui pouvaient difficilement l’être jusqu’à maintenant.
L’utilisation toujours plus répandue dans les fermes de solutions de biostimulation fabriquées, ou du moins multipliées dans la cour de ferme, tels que les thés de compost oxygénés (TCO), les micro-organismes efficaces (EM), les ferments lactiques et, demain peut-être, d’autres techniques comme la lifofer, nécessite de construire de nouveaux référentiels pour évaluer la qualité des produits épandus.
Distinguer les organismes bénéfiques des pathogènes
Au sein de la famille des protozoaires, tous ne sont pas synonymes de milieu anaérobie, bien au contraire. Les Amibes et les Flagellés sont des indicateurs d’un milieu présentant un taux d’oxygène satisfaisant. Dans les TCO, les premiers sont souvent visibles sous leur forme libre et mobile lors de l’observation au microscope, tandis qu’ils sont plus souvent immobiles et dans une coque de protection dans les composts et les sols. Les Flagellés, quant à eux, sont mobiles grâce à un ou plusieurs flagelles qu’il est possible de deviner lors de l’observation au microscope.
Les nématodes font également partie des familles de micro-organismes qu’il est possible d’identifier très distinctement au microscope. L’observation au microscope permet de distinguer les nématodes bénéfiques des pathogènes. Les bénéfiques disposent d’une cavité buccale bien visible, alors que les pathogènes arborent un stylet leur permettant de piquer les racines des plantes. Ce qui importe, c'est d’estimer la proportion de nématodes pathogènes dans l’échantillon. S’ils sont trop présents, peut-être faut-il renoncer à répandre le produit d’où est issu l’échantillon sur les cultures.
Au même titre que les nématodes, le microscope permet d’observer les hyphes de champignons microscopiques. Et comme les nématodes, il est possible de distinguer les bénéfiques des pathogènes. Les bénéfiques possèdent des hyphes d’un diamètre souvent supérieur à 3 µm, des séparations et une forme régulière, et sont marron. Les pathogènes sont souvent plus minces, transparents et plus irréguliers.
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