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Trois collections vivantes de nématodes uniques au monde sont hébergées à l’Inra de Sophia-Antipolis

Publié le 12/06/2019 - 17:03

Rares sont les espèces à être épargnées par les nématodes à galles. Ces nématodes seraient responsables de 5 à 10 % des pertes agricoles mondiales indique Bruno Favery, directeur de recherche à l’Inra Sophia Antipolis. Ce sont des parasites obligatoires des racines des plantes, ces nématodes se nourrissent et se reproduisent sur les racines, ils ont donc un impact majeur sur le rendement des cultures. Toujours selon le chercheur, la quasi-totalité des espèces botaniques sont concernées par ce ravageur. En termes de lutte, c’est la résistance naturelle des espèces qui est à l’étude mais elle est limitée par le nombre de gènes impliqués, autrement dit, la résistance naturelle est facilement contournée par des espèces de nématodes virulentes. "Nous travaillons aussi sur d’autres approches de lutte, reposant sur une connaissance approfondie des interactions plantes-nématodes. Une meilleure connaissance de la cascade d’événements moléculaires qui conduit au développement et au maintien du parasite devrait aussi permettre à l’avenir d’élaborer de nouvelles stratégies de lutte", résume le chercheur.  Toutefois, grâce au consortium international coordonné depuis l’Inra Sophia Antipolis, impliquant Inra, l’université de Nice Côte-d’Azur, le CNRS et le Genoscope, le nématode à galles, Meloidogyne incognita, a été entièrement séquencé. Par ailleurs, le site de Sophia héberge trois collections vivantes de nématodes phytoparasitaires axées sur des groupes majeurs aux plans agronomique et/ou environnemental (nématodes à galles, nématodes vecteurs du virus du court-noué de la vigne et nématode du pin.

Application au champ de la résistance génétique

Sur le site de Sophia Antipolis, les chercheurs ont mené des travaux sur le piment et le poivron, qui visent à identifier et cartographier plusieurs gènes de résistances à large spectre. Comme l’explique Caroline Djian-Caporalino, ingénieur de recherche, "nous avons démontré que le fond génétique dans lequel ces gènes de résistance sont introgressés et d’une importance primordiale pour l’expression de la résistance et sa durabilité. Ainsi, les régions chromosomiques d’intérêt où sont localisés un ou plusieurs facteurs de résistance partielle pertinents ont pu être caractérisées". Ainsi les chercheurs ont pu montrer au champ qu’il était crucial d’alterner en rotation les types de résistance ou d’utiliser des individus dans lesquels sont combinés deux gènes majeurs à mode d’action différent afin d’empêcher le développement de population de nématodes virulents contournant les gènes de résistance de la plante. Dans le prolongement de leurs travaux, ils ont mis en œuvre des systèmes de culture de légumes combinant résistance génétique et pratiques agronomiques de type rotations diversifiées, engrais verts, couverts végétaux pièges (sorgho), solarisation... Afin de préserver la durabilité de la résistance acquise des espèces.

Mais ce qu’il faut savoir aussi à propos de ce petit nématode, c’est que sa "virulence" peut avoir un coût. Dans le jargon, les scientifiques parlent de "fitness costs". La capacité à être virulent pour un nématode peut se payer sur son potentiel parasitaire et reproductif. Ludovic Mailleret, responsable de l’équipe M2P2 (Modèles et méthodes pour la protection des plantes) a développé un modèle mathématique décrivant au champ les dynamiques de populations de nématodes, virulentes avirulentes, pendant les saisons de culture et au cours des rotations. Ce modèle, ajusté à des données expérimentales, a été utilisé pour calculer les stratégies optimales de déploiement des plantes résistantes. Grâce à cette approche, il a été démontré que dans de nombreux scénarios, la rotation des variétés permet efficacement d’augmenter les rendements des cultures

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