Depuis les premières recherches dans les années 1990, les technologies de sélection assistée par marqueur ont fortement évolué en génétique bovine. Les nouveaux outils offrent de nombreuses perspectives.
Dès le début des années 1990, les découvertes sur le polymorphisme du génome bovin ont fait entrevoir de nouvelles applications en matière de sélection. Entre 1996 et 1999,le programme français de détection de QTL (Quantitative Trait Locus), régions chromosomiques associées à des variations significatives pour un caractère quantitatif, réalisé chez les bovins de race montbéliarde, Normande et Holstein, a permis d’étudier plus finement le déterminisme génétique de caractères liés à la production laitière (quantité et qualité du lait), à la morphologie des animaux et à leur fonctionnalité.
La fin des taureaux stars
Les résultats de cette recherche ont motivé l’ensemble des professionnels de la filière française à investir dans un programme de sélection assistée par marqueurs. En 2001, les entreprises de sélection ont lancé, en commun, le programme de SAM de première génération. Les efforts de génotypage entrepris entre 2001 et 2007 ont permis d’une part de confirmer l’existence des QTL initialement choisis et d’autre part d’augmenter sensiblement la précision des index des jeunes animaux. La Sam 1 a laissé la place, en août 2008, à la Sam de deuxième génération.
Les premiers index génomiques sont apparus en 2009. Les analyses se font alors grâce à des puces dites de moyenne densité. « Une nouvelle étape a été franchie en 2011, poursuit Sophie Mattalia, responsable du service génétique laitier à l’Institut de l’élevage. Le consortium européen Eurogénomics a permis de mettre au point une puce basse densité, beaucoup moins chère que les puces moyenne densité. À partir de là, la sélection génomique a pu être déployée aux femelles. Et le génotypage a été ouvert aux éleveurs. S’il a fallu les convaincre les premières années, le génotypage s’est aujourd’hui démocratisé. On devrait dénombrer 200 000 génotypages cette année. » Le coût du génotypage en ferme est aujourd’hui de 30 à 40 euros par animal. La génomie a changé la donne pour les entreprises de sélection et les éleveurs. Progressivement les jeunes taureaux génotypés ont pris la place des taureaux de service confirmés sur des centaines voire des milliers de filles. La génomie a marqué la fin du « star-system ». Au bénéfice des éleveurs : le risque de consanguinité est moindre. La sélection génomique permet de mieux orienter les choix d’accouplement, l’offre génétique est plus large.
De multiples développements en cours
Aujourd’hui les travaux continuent et les perspectives sont nombreuses. « Les enjeux portent sur l’évaluation de nouveaux caractères, sur la qualité des produits, la santé, la robustesse, et l’environnement », détaille Sophie Mattalia, évoquant quelques projets en cours. Comme le programme 1 000 génomes bovins, qui vise à identifier un maximum d’anomalies génétiques pour mieux les maîtriser. « L’objectif est d’accompagner les schémas de sélection pour éradiquer progressivement les anomalies les plus impactantes. » Le projet national Deffilait a pour but d’améliorer l’efficience alimentaire des vaches laitières sans détériorer leurs autres aptitudes (reproduction, résistance aux maladies). Le programme From’Mir vise à développer des outils de prédiction et de conseils pour maîtriser la fromageabilité des laits destinés à la fabrication des fromages traditionnels franc-comtois.
Si les races laitières bovines prim’holstein, montbéliarde et normandes ont été les premières à bénéficier des progrès offert par la génomique, les autres races laitières ont, depuis, développé leur programme. La sélection génomique s’est également étendue aux races allaitantes limousine, blonde d’Aquitaine et charolaise, et aux ovins laitiers. En 2018, c’est au tour des caprins d’entrer dans l’ère de la génomie.